Atom Enerjisi üzrə Beynəlxalq Agentlik (AEBA) (International Atomic Energy Agency - IAEA) ilə Milli Nüvə Tədqiqatlar Mərkəzinin (MNTM) geniş əlaqələri mövcuddur. 2015-ci ildə MNTM-nin əməkdaşları AEBA tərəfindən Azərbaycanda və xarici ölkələrdə təşkil edilən, təcrübə nüvə reaktorlarının yaradılması, iş prisipləri, təhlükəsizliyi, fiziki mühafizəsi, tədbiqləri mövzularına həsr edilmiş çoxsaylı treninqlərdə, seminarlarda və konfranslarda iştirak ediblər. Eyni zamanda Mərkəzin əməkdaşları, Azərbaycan Respublikasında radiasiyon texnologiyalarının işlənib inkişaf etdirilməsinə dair AEBA tərəfindən təşkil edilmiş treninqlərdə və seminarlarda iştirak ediblər.
2016-ci ildə MNTM AEBA ilə birgə AZB2014002 Milli Layihənin icrasına başlanacaq. Layihənin adı "Yeni təcrübə nüvə reaktorunun yaradılması üçün hazırlıq işlərinin həyata keçirilməsi" ("Conducting Preparatory Work for Establishing a New Research Reactor"). Layihənin müddəti iki ildir. Layihə AEBA-nın texniki əməkdaşlıq departamenti ilə birgə həyata keçiriləcək. Layihənin icrası zamanı AEBA-nın ekspert missiyalarının Azərbaycana səfərlər edilməsi nəzərdə tutulur. AEBA ekspertləri, MNTM və digər aidiyyatı dövlət qurumları ilə müzakirələrin keçirilməsi nəzərdə tutulur. Layihənin əsas məqsədi birgə əməkdaşlıq nəticəsində AEBA-nın yardımı ilə MNTM-nin ekspertləri tərəfindən yeni təcrübə nüvə reaktoru üçün strateji planın və zəruri texniki spesifikasiyanın işlənib-hazırlanmasıdır. Eyni zamanda MNTM-nin əməkdaşlarının AEBA tərəfindən təşkil ediləcək təlimlərdə və elmi səfərlərdə iştirakı da nəzərdə tutulur. Layihənin müddəti iki ildir. Layihənin ümumi dəyəri 120.360 (yüz iyirmi min üç yüz altmış) avro təşkil edir.

2016-ci ildə MNTM Ukraynanın Elm-Texnologiya Fondunun GUAM (Gürcüstan, Ukrayna, Azərbaycan və Moldova) ölkələri üçün Avropa Birliyinin maliyyə dəstəyi ilə "Nüvə materiallarının hərtərəfli ekspertizası üçün regional şəbəkənin yaradılması" layihəsində iştirak edəcək. Layihənin əsas məqsədi GUAM ölkələrinin milli labaratoriyalarının, nüvə materiallarının ən müasir üsullarla analiz etmək imkanlarının genişləndirilməsidir. Layihə çərçivəsində nüvə materiallarının kimyəvi tərkibini, zənginləşmə dərəcəsini və digər xüsusiyyətlərini müəyyən etməyə imkan verən ən müasir avadanlığın alınması nəzərdə tutulur. Eyni zamanda əldə edilmiş avadanlığın iş prinsiplərinin hərtərəfli öyrənilməsi və gələcək əməkdaşlığın genişləndirilməsi məqsədi ilə MNTM əməkdaşları üçün təlimlərin, müzakirələrin və görüşlərin keçirilməsi nəzərdə tutulur. Təlimlərin, müzakirələrin və görüşlərin keçirilməsi Avropanın Birgə Elm Mərkəzinin "Transuran Elementləri İnstitutu" və Ukraynanın "Nüvə Fizikası İnstitutu" imkanlarından istifadə etməklə keçirilməsi nəzərdə tutulur. Layihənin müddəti iki ildir. Layihənin ümumi dəyəri 120 (yüz iyirmi min) avro təşkil edir.